Miss Peregrine, changée en oiseau, est prisonnière de son état, suite à l'attaque des Estres. Les enfants particuliers n'ont plus qu'un espoir : trouver une Ombrune susceptible de rendre à la directrice de l'orphelinat sa forme humaine. Après avoir essuyé une tempête, le petit groupe d'enfants échoue sur une rive de Grande-Bretagne, alors que la Seconde Guerre fait rage. Aussitôt pris en chasse par des Estres, ils se réfugient, in extremis, dans une boucle temporelle.
Là, vit une ménagerie d'animaux singuliers. Parmi eux, Addison, un chien parlant, leur apprend que la dernière Ombrune en liberté est partie libérer ses soeurs à Londres. Il devient urgent pour les enfants particuliers de rejoindre la capitale.